El haba de soja es una excelente fuente de energía y proteína, en particular lisina, conteniendo además cantidades importantes de otros nutrientes esenciales, tales como ácido linoleico y colina, cuya disponibilidad es además alta. A menudo, el haba procesada se descascarilla parcialmente para elevar su valor nutritivo en piensos de lechones y pollitos de primera edad. La harina de soja de alta proteína (47-48% PB) se obtiene tras un proceso de extracción de la grasa del haba con disolvente. Las harinas de soja estandar (44% PB) resultan de la inclusión parcial de cascarilla en las harinas de alta proteína.
El haba de soja cruda contiene un número elevado de factores antinutritivos. Los más importantes (factores antitrípsicos, ureasa y lectinas) son termolábiles, por lo que su contenido después de un correcto procesado térmico es reducido (<3,5 mg/g, <0,1 ud ΔpH y 0,5 μmoles/g respectivamente). Contiene también factores antinturitivos termoestables tales como los factores antigénicos (glicinina y β-conglicinina), saponinas y oligosacáridos (estiquiosa y rafinosa). Los factores antigénicos causan daños en la mucosa intestinal y problemas digestivos en animales jóvenes (especialmente en terneros), mientras que las saponinas afectan el consumo en todas las especies. Los rumiantes son menos sensibles a estos factores antinutritivos que los monogástricos ya que son parcialmente digeridos (e inactivados) en el rumen. En cualquier caso, la fracción no digerida afecta también a los animales de alta producción. Al igual que otras leguminosas, su contenido en oligosacáridos es alto (5-6%), lo que reduce el uso de altos niveles de harina de soja en lechones pero no en rumiantes donde suponen un valor añadido. Tanto los factores antigénicos como los oligosacáridos pueden extraerse con agua y etanol, obteniéndose un producto denominado concentrado de proteína de soja, con alrededor del 65-70% de proteína, de especial interés en alimentación de animales jóvenes (piensos de arranque). También se comercializan concentrados proteicos de soja con un 52-55% de proteína que proceden de la fermentación de harinas de soja descascarillada (altas en proteína) con posible aplicación de procesos enzimáticos. Otro producto comercializado es el aislado de proteína de soja en el que se extraen también los glúcidos no solubles tras tratamiento alcalino y precipitación ácida. Es un proceso caro por lo que su uso está limitado a lactoreemplazantes y al consumo humano.
