El algodón se cultiva fundamentalmente para la producción de fibras que constituyen alrededor del 40% del peso del fruto. El resto corresponde a la semilla que se utiliza principalmente en alimentación animal, bien directamente (semilla entera de algodón), bien previa extracción de aceite para el consumo humano (harina de algodón). La extracción se hace generalmente mediante disolventes (hexano), tras separar el grano de la cascarilla y de los restos de borra. El disolvente puede aplicarse de forma directa o previa presión (procedimiento preprensado). Este último es el que permite obtener un producto de mayor calidad, y es el más utilizado en la actualidad. La harina de algodón comercial tiene un contenido en fibra bruta en torno al 16-17%, debido a la adición posterior de cascarilla que contiene un 40% de fibra bruta.
Los principales factores antinutritivos de la harina de algodón son el gosipol y los ácidos grasos ciclopropenoicos. El gosipol es un pigmento amarillo polifenólico que se encuentra en la semilla en forma libre y que reduce el consumo, la concentración de hemoglobina en plasma y, en casos extremos, puede provocar dificultades respiratorias, insuficiencia circulatoria y la muerte del animal. El nivel de gosipol libre disminuye en la harina (especialmente en la pre-prensada) con respecto a la semilla (0,04-0,30 vs 0,45-1%, respectivamente), ya que en parte se extrae con el aceite y en parte forma complejos indigestibles con aminoácidos, especialmente lisina, como resultado del procesado térmico. La digestión ruminal contribuye a reducir adicionalmente su toxicidad al producirse enlaces del gosipol con la proteína soluble. Como consecuencia, el empleo de la semilla de algodón se limita a rumiantes, mientras que la harina de algodón puede utilizarse también en monogástricos; en todos los casos su uso debe restringirse de acuerdo con la sensibilidad al gosipol del animal que recibe el pienso. Así, en ponedoras comerciales, el gosipol forma complejos con el hierro dando lugar al moteado del huevo y posteriormente, tras el almacenaje, a manchas de color verde oliva en la yema. Actualmente se considera que sólo el gosipol libre daña la productividad mientras que el gosipol ligado sólo perjudicaría la digestibilidad de la lisina. Esta hipótesis está siendo cuestionada, ya que parte del gosipol ligado podría quedar libre tras su paso por el intestino delgado.
